口袋妖怪火红中秘术即秘传学习器(HM)，共7个，核心获取点集中在剧情关键区域，按流程可依次拿到居合斩、飞翔、冲浪、怪力、闪光、碎岩、攀瀑，对应地图交互与徽章解锁是使用前提。
HM01居合斩是首个秘术，在圣特安努号1F船长室对话获取，学会后可斩断挡路树木，需拿到枯叶市蓝色徽章才能在地图上稳定使用，前期用于打通深灰市周边通路。HM02飞翔在16号道路左侧隧道旁拾取，学会后首回合升空次回合攻击，飞天状态遭特定招式攻击伤害翻倍，地图使用需橙色徽章，可快速往返已到访城镇，是跑图核心秘术。HM03冲浪在野生精灵保护区深处拾取，学会后可在水上移动、进行二段攻击，需粉红徽章解锁地图使用，是穿越水系道路、捕捉水属性宝可梦的关键。
HM04怪力在浅红市PC右侧屋内与园长对话获得，学会后可推动巨石，需彩虹徽章才能在地图使用，推开巨石能解锁隐藏道具与通路，常配合保护区剧情推进。HM05闪光在2号道路地鼠洞出口下方屋内获取，学会后可照亮黑暗洞穴、降低敌宝可梦命中率，需灰色徽章，是探索洞穴、遗迹的必备辅助秘术。HM06碎岩在热气之路拾取，学会后可击碎岩石、有概率让敌宝可梦防御下降，需金色徽章，用于开启岩石封堵的区域，获取路径需先打通热气之路通道。HM07攀瀑在冻瀑洞窟获得，学会后可攀登瀑布，需深红徽章，是前往四岛、冠军之路等高难度区域的关键，需先完成对应徽章挑战。
秘术获取与徽章绑定，需按剧情推进道馆挑战解锁地图使用权限，部分秘术需前置道具或场景解锁，比如怪力需先在保护区获取假牙再与浅红市老伯交换，碎岩需打通热气之路才能到达拾取点。秘术可无限重复使用，无需消耗，但学会后无法直接遗忘，需前往遗忘老人操作，建议给对应属性宝可梦学习，比如飞行系学飞翔、水系学冲浪，提升战斗与探索效率。
