玩家可以捕捉三只传说中的神兽：火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。这三只神兽分别位于火焰山山顶、无人发电站深处以及双子岛瀑布后的洞穴内，等级均为50级左右。捕捉它们需要先获得相应徽章并完成部分主线剧情，同时需准备充足的高级球（建议50个以上）以及克制其属性的宝可梦队伍。
火焰鸟作为火+飞行属性神兽，位于一号岛灯火山顶部，需先击败马志士获得橙色徽章才能抵达。推荐使用水系或岩石系宝可梦对抗，并携带能施加麻痹/睡眠状态的技能。闪电鸟在枯叶市附近的无人发电厂深处，电+飞行属性使其对地面系技能完全无效，建议使用岩石系宝可梦配合刀背打击战术。急冻鸟则需在双子岛通过推石机关堵住瀑布后才能遇见，冰+飞行属性弱点火系与岩石系，已捕获的火焰鸟可成为有效战力。
捕捉神兽的核心策略包括血量控制与状态附加。将目标HP削弱至红色状态后，使用催眠粉或电磁波等技能可显著提升捕获率。时间球在战斗超过30回合后效果优于高级球，而大师球则能确保100%成功率。每只神兽仅有1次遭遇机会，战斗前务必存档以防失误。队伍中建议配备会刀背打击的宝可梦（如飞天螳螂），该技能可将对手HP保留至1点而不致死。
除三神鸟外，一周目无法捕获超梦等更高阶神兽，这些需要通关后触发特殊剧情。三神鸟之间存在属性克制链：闪电鸟克制火焰鸟，火焰鸟克制急冻鸟，急冻鸟克制闪电鸟，该关系可用于后续组队搭配。神兽的基础属性值远超普通宝可梦，合理运用它们能大幅降低二周目前期的挑战难度。
部分改版游戏（如802版）扩展了一周目可捕获神兽范围，但原版火红仅限三神鸟。神兽的个体值随机生成，追求完美属性的玩家可能需要多次重置游戏。携带黑色污泥等恢复道具可延长消耗战时间，而喷雾剂能避免途中遭遇野生宝可梦干扰。
